Kolonoskopii nie wykonuje się w ciężkim rzucie stanu zapalnego jelita grubego. Przeciwwskazaniem są też ciężkie choroby płuc i serca, takie jak:

• niestabilna choroba wieńcowa,
• niewydolność serca w zaawansowanym stadium,
• zaburzenia krzepnięcia krwi,
• ostra niewydolność oddechowa.

Badania nie wykonuje się również u pacjentek w ciąży (II i III trymestr).
Decyzję o odstąpieniu od kolonoskopii lub jej wykonaniu w późniejszym terminie podejmuje lekarz.

Na co dzień jelita są wypełnione treścią pokarmową, której gęstość rośnie w miarę oddalania się od żołądka. Dzieje się tak dlatego, że płyny obecne w przewodzie pokarmowym są wchłaniane przez doskonale ukrwione ścianki jelit. Coraz bardziej odwodniona
i zagęszczona treść stała jest przesuwana w kierunku okrężnicy i odbytnicy, aby ostatecznie opuścić przewód pokarmowy. W takich warunkach badanie nie może się udać. Przed badaniem trzeba dokładnie oczyścić okrężnicę.

Ogólnie rzecz biorąc, przygotowanie do kolonoskopii polega na przejściu na dietę płynną, a następnie przyjęciu środka przeczyszczającego. Należy przy tym pamiętać o spożywaniu płynów, żeby nie dopuścić do odwodnienia organizmu. Schemat postępowania, a także objętość i częstotliwość przyjmowania roztworu leku przeczyszczającego zależą od tego, jaki preparat zaleci lekarz. Stosowane leki to: fortrans, citafleert, moviprep i eziclen.

Kolonoskopia przeprowadzana jest przy użyciu kolonoskopu. Kolonoskop składa się z elastycznej rurki o długości około 130–200 cm, zakończonej z jednej strony kamerą i źródłem światła, a z drugiej – manipulatorem. Wewnątrz znajduje się kanał do wprowadzania dodatkowych narzędzi, którymi można pobrać wycinki do badań albo wykonać drobne zabiegi. Końcówkę kolonoskopu można odchylać w dowolnym kierunku, co ułatwia oglądanie ścianek okrężnicy i umożliwia łagodne wprowadzanie instrumentu, który musi pokonać cztery zakręty, mające 90 i więcej stopni.

Rozwój techniki światłowodowej i medycznej sprawił, że współczesne kolonoskopy – w porównaniu z modelami używanymi 10–15 lat temu – mają mniejszą średnicę, są bardziej elastyczne i dają obraz lepszej jakości. Dla pacjenta oznacza to krótsze i mniej uciążliwe badanie, a dla lekarza większy komfort pracy i pewniejszą diagnozę.

Pacjent układa się na lewym boku, z nogami zgiętymi w kolanach i przysuniętymi do brzucha, może zajść potrzeba kilkakrotnej zmiany pozycji. Lekarz ustawia się za pacjentem, aby móc swobodnie manipulować kolonoskopem i obserwować obraz na monitorze. Badanie może być zarejestrowane na płycie DVD, co ułatwia ewentualne konsultacje. O ile warunki techniczne na to pozwalają, pacjent może obserwować przebieg badania.

Opróżnione jelito jest zapadnięte, jego ścianki przywierają do siebie. Żeby ułatwić manipulowanie kolonoskopem i umożliwić oglądanie wnętrza jelita, trzeba je rozsunąć, wprowadzając do jelita gaz pod niewielkim ciśnieniem. Nadmiar gazu uchodzi na zewnątrz i pacjent nie powinien temu przeciwdziałać.

Może się okazać, że trzeba pobrać wycinki tkanek do dalszych badań albo usunąć polip. Służy do tego sonda, zakończona niewielkimi szczypcami, pętlą lub innym narzędziem, wprowadzana przez kanał w kolonoskopie. Te czynności nie sprawiają bólu: wnętrze jelita nie jest unerwione czuciowo, dlatego drobne zabiegi nie wymagają znieczulenia.

Tempo badania bywa różne. Jeśli lekarz dostrzeże coś, co wymaga dokładniejszego sprawdzenia, zapewne zatrzyma się na dłuższą chwilę. Pobranie wycinków albo usunięcie polipów nieznacznie wydłuża badanie. Zazwyczaj pacjent spędza na stole od kilkunastu do kilkudziesięciu minut. Lekarz na pewno wiele razy zapyta o samopoczucie. Jeśli badanie jest bolesne albo uciążliwe, trzeba o tym otwarcie powiedzieć. Badający postara się pomóc, a w ostateczności przerwie badanie (co nie oznacza, że natychmiast wycofa kolonoskop). Jeśli akurat wykonuje jakiś zabieg na ścianie jelita, najpierw musi go bezpiecznie dokończyć. Najczęściej pacjenci dobrze znoszą kolonoskopię, opisując ją jako „niezbyt przyjemną, ale do zniesienia”.

Kolonoskopię można wykonać bez znieczulenia lub w znieczuleniu tzw. nowoczesnej sedacji dożylnej, która jest bezpieczna, znosi ból i niepokój chorego, zwłaszcza u chorych z obciążającymi chorobami innych narządów. Decyzję o znieczuleniu podejmuje pacjent i lekarz.

Po badaniu należy chwilę odpocząć w gabinecie lub poczekalni. Gazy wprowadzone do okrężnicy podczas badania muszą się wydostać na zewnątrz, nie należy ich wstrzymywać. Pacjent powinien zapewnić sobie bezpieczny powrót do domu i co najmniej kilka godzin wypoczynku. Zazwyczaj jeszcze tego samego dnia można powrócić do normalnej aktywności.