Ze względu na cel przeprowadzenia gastroskopii, można ją podzielić na diagnostyczną oraz zabiegową. Badanie diagnostyczne ułatwia rozpoznanie wielu chorób układu pokarmowego, np. raka przełyku
i żołądka, chorobę wrzodową żołądka i dwunastnicy, żylaki przełyku, zapalenie błony śluzowej przełyku
i żołądka oraz nowotwory żołądka (m.in. chłoniaka). Ponadto można zdiagnozować choroby zapalne wywołane przez bakterie, wirusy i grzyby oraz wykryć zmiany spowodowane działaniem środków chemicznych (kwasów i zasad, zmian popromiennych, szkód powstałych
po lekach itd.). Gastroskopia zabiegowa pozwala natomiast wykonać wiele zabiegów terapeutycznych, takich, jak np. usuwanie polipów i ciał obcych, zatamowanie krwawień, zamykanie przetok, opaskowanie żylaków przełyku, poszerzanie zwężeń przełyku, protezowanie przełyku, wykonywanie gastrostomii, usuwanie błony śluzowej wraz z wczesnymi zmianami nowotworowymi oraz niszczenie guzów nowotworowych. Klasyczną gastroskopię wykonuje się poprzez wprowadzenie endoskopu do przewodu pokarmowego przez jamę ustną. Drugi rodzaj zabiegu przeprowadza się przez nos (co znacznie zmniejsza odruch wymiotny). Wykonywany jest on u dzieci oraz tych osób, które odczuwają silny lęk przed gastroskopią.

Wskazaniem do wykonania gastroskopii są między innymi:

• zaburzenia połykania (ich przyczyną mogą być zmiany zapalne w przełyku, ciała obce lub zaburzenia motoryki o charakterze rozlanych skurczów),
• zgaga (jej najczęstszą przyczyną jest zarzucanie kwaśnej treści żołądkowej do przełyku, może być też spowodowana przez zaburzenia opróżniania żołądka w przebiegu choroby wrzodowej),
• ból w klatce piersiowej i nadbrzuszu o niejasnej etiologii,
• pieczenie za mostkiem,
• uporczywe odbijanie,
• podejrzenie raka przełyku (objawy to: niezamierzone zmniejszenie masy ciała i ból towarzyszący połykaniu kęsów pokarmu, rzadziej duszność, kaszel, chrypka i ból w klatce piersiowej za mostkiem),
• podejrzenie choroby wrzodowej żołądka lub dwunastnicy, którą wywołuje helicobacter. Objawy choroby to bóle brzucha, mdłości, zgaga, odbijanie, gazy, wymioty oraz wzdęcia, podejrzenie raka żołądka (objawy to krwawe wymioty, niestrawność, brak apetytu, odbijanie, wzdęcia, nudności, senność, niedokrwistość oraz spadek masy ciała o niewyjaśnionej etiologii).

         Zabieg wykonuje się za pomocą gastroskopu – miękkiej i giętkiej rurki, którą wprowadza się przez usta i przewód pokarmowy, aż do żołądka. Gastroskopia nie należy do badań  przyjemnych. Zazwyczaj przebiega bezboleśnie, jednak zdarzają się wyjątki. Najtrudniejsze jest powstrzymanie odruchu wymiotnego podczas gastroskopii. Znieczulenie nie jest konieczne, jednak wielu pacjentów z niego korzysta. Dzięki temu badanie przebiega całkowicie bezboleśnie, a ponadto zmniejsza się ryzyko powstawania odruchu wymiotnego. U szczególnie wrażliwych osób, podaje się dożylnie leki uspokajające. Przed zabiegiem należy zdjąć okulary oraz wyjąć protezy zębowe, jeśli się je nosi. Następnie należy położyć się na lewym boku, z głową przygiętą do klatki piersiowej, a lekarz lub pielęgniarka zakładają ustnik, aby zapobiec zamknięciu ust i przegryzieniu przewodu gastroskopu. Najtrudniejszym momentem jest „połknięcie” przez pacjenta rurki przyrządu. Podczas całego badania należy miarowo oddychać i nie połykać śliny, która powinna swobodnie spływać do śliniaka. Ponieważ podczas zabiegu do żołądka wprowadzana jest niewielka ilość powietrza, często pojawia się uczucie wzdęcia i odbijania. Są to zjawiska normalne w trakcie gastroskopii i ustępują zaraz po jej zakończeniu. Czas badania jest indywidualnie zmienny i przeciętnie wynosi od około 5 do 30 minut. Wynik gastroskopii można odebrać po około dwóch tygodniach, natomiast wynik na obecność „Helicobacter pylori” znany jest już kilka minut po zabiegu.

Do przeciwwskazań przeprowadzenia gastroskopii należą:

• niedawno przebyty zawał serca,
• niestabilna choroba wieńcowa,
• ostra niewydolność serca,
• niewydolność oddechowa,
• podejrzenie perforacji przewodu pokarmowego.

  Gastroskopia jest zabiegiem bezpiecznym, a zakażenie chorego w trakcie badania jest mało prawdopodobne. Endoskop po każdym użyciu jest dezynfekowany, a wycinki do dalszego badania pobierane są przy pomocy sterylnych narzędzi. Jednak jak w wypadku każdej procedury medycznej mogą zdarzyć się powikłania, zarówno podczas badania, jak i po jego zakończeniu. Na szczęście do sytuacji zagrażających życiu chorego dochodzi bardzo rzadko. Po badaniu pacjent może odczuwać ból gardła. Najczęstszymi powikłaniami są problemy związane ze znieczuleniem. Również przyjmowane leki mogą wywołać skutki uboczne: może dojść do obniżenia ciśnienia, zaburzenia oddychania czy zmiany rytmu serca.
U części badanych po gastroskopii obserwuje się również problemy ze strony układu oddechowego, polegające na powstaniu zachłystowego zapalenia płuc oraz trudnościach z oddychaniem. U niektórych osób może dojść do krwawienia – szczególnie narażeni są pacjenci mający zaburzenia krzepnięcia
i przyjmujący leki przeciwzakrzepowe. Do najrzadszych powikłań należy przebicie ściany przewodu pokarmowego.

Po zabiegu pacjent może się skarżyć na ból gardła lub chrypkę, które powinny ustąpić w ciągu 24 godzin. Jeżeli chrypka utrzymuje się dłużej, należy się zgłosić do lekarza. Jeżeli podczas bronchoskopii wykonywano biopsję, po zabiegu może wystąpić niewielkie krwioplucie.